只有自考本科档案可以考研吗？

可以的

 自考文凭是可以进行考研的,本科生直接可以进行报考研究生,自考大专考研需具备获得国家承认的高职高专毕业学历后满2年(从毕业后到录取当年9月1日)或2年以上,达到与大学本科毕业生同等学历,且符合招生单位根据本单位的培养目标对考生提出的具体业务要求的人员可以报名。